德国联邦环境署的一项研究显示，集约农业对环境危害较为严重，农药、肥料的使用和集约化畜牧养殖给人类和自然带来负面影响。最有争议的问题是温室气体排放，肥料施用、土壤耕作和畜牧养殖的排放量较高，影响气候和生物多样性。

2012年，德国与农业有关的排放约为7000万吨二氧化碳当量，约占当年温室气体排放总量的7.5%，仅次于工业(84%)，居德国第二。报告建议，传统农业应遵循更严格的规定，更有效施用氮磷肥，减少过剩，将畜牧业的发展限定在特定区域。此外，传统农业应逐步向有机农业过渡，以便减少污染物质的排放。